Реки района — малые водотоки. Наиболее крупная река — Кубня, является юго-восточной административной границей с Республикой Татарстан; её протяженность по территории Янтиковского района составляет 28 км.

Притоки Кубни: Ута (протяженность по территории района 23 км), Инеш (14 км), Аль (29,3 км).

Озер в районе мало (Аль). В целом ресурсы поверхностных вод ограниченны и практически полностью сосредоточены в стоке Кубни.