Родился около 1583 года в Ярославле, в семье небогатого горожанина. В юном возрасте святой Василий был взят неким предприимчивым купцом на место управляющего продажей своих товаров в заполярный сибирский город Мангазею. В то время (конец 16 в.), в связи с использованием практического мореплавания, Мангазея переживала расцвет как центр торговли и колонизации на русском Севере (впоследствии город запустел и в конце 17 века прекратил свое существование).

Святой Василий исправно исполнял свои обязанности управляющего. От природы кроткий и смиренный, с детских лет исполненный страха Божиего, он пользовался добрым расположением окружающих. Все свободное от работы время Василий проводил в храме за Богослужением, часто и подолгу молился дома. Юноше было 19 лет, когда тяжелое испытание привело его к мученическому венцу.

Однажды, когда святой Василий молился в храме, хозяин обнаружил, что воры разграбили его лавку. Несмотря на зовы хозяина, святой Василий оставался в храме до конца Богослужения. Недоверчивый и сребролюбивый хозяин заподозрил и обвинил святого Василия в соучастии в преступлении и подверг его ругательствам и побоям. Неповинный юноша не утратил своей кротости и на все смиренно отвечал мучителю: «Истинно ни что же от имения твоего взях». Тогда хозяин отвел святого Василя к городскому воеводе, перед которым очернил его как преступника. Воевода подверг святого Василия новым пыткам, но он снес их терпеливо и безмолвно. Раздраженный молчанием святого Василия, купец пришел в ярость и по наущению лукавого ударил мученика связкой амбарных ключей. От этого удара святой Василий скончался (+ 4 апреля 1602 года).

Тело святого было положено в гроб и предано земле, «где надлежит от воды мокрость», без должного христианского погребения. Прошло почти полвека. В 1649 году мангазейский стрелец Степан Ширяев заметил, что на погорелом месте близ храма в земле обнажилась верхняя часть неизвестного гроба (погорелое место образовалось после большого пожара 1642 года). На гроб этот «для мирского ходу» была положена судовая доска, но ее, к изумлению очевидцев, переломило гробом, вышедшим из земли. Тогда над гробом поставили часовню.

Вскоре после этого некоторые больные, с верой притекавшие к помощи неведомого угодника Божия, получили исцеление. Отдельные случаи исцелений были засвидетельствованы письменно. Дошедшие до нас списки Жития святого Василия Мангазейского сообщают об обильных чудотворениях, совершенных по молитвам к нему: святой Василий помогал заблудившимся путникам и охотникам, исцелял расслабления, слепоту и другие недуги, сохранял малодушных от самоубийства. В феврале 1653 года через видение мангазейскому охотнику Григорию Каратаеву открылось имя новоявленного чудотворца. В том же году воевода Степан Карсаков послал архиепископу Тобольскому Симеону (1651-1664) списки чудес святого Василия. Архиепископ Симеон препроводил эти списки в Москву князю А.Н.Трубецкому, ведавшему Сибирским приказом. Списки были переданы царю, но сопроводительное письмо архиепископа сдано в архив, и дело о канонизации святого Василия не получило хода.

В августе 1659 года по благословению архиепископа Симеона в Мангазею приехал диакон Богоявленского храма в Тобольске Иван Семенов. В присутствии Мангазейского воеводы С.В.Ларионова и двух местных священников Димитрия и Луки было произведено освидетельствование мощей святого Василия.

В 1670 году строитель Троицкого Туруханского монастыря иеромонах Тихон после бывшего ему видения совершил с крестным ходом перенесение мощей святого Василия из Мангазеи в свою обитель. Мангазею через 2 года после этого покинули последние жители, а в Туруханске почитание святого Василия еще более усилилось.(«Мангазеей» ныне называют обширную территорию Тюменского севера и Красноярского края).

Летом 1719 года в Туруханск прибыл митрополит Сибирский и Тобольский Филофей (Лещинский). По его распоряжению мощи святого Василия были перенесены из старого и тесного храма во имя Пресвятой Троицы в новый просторный храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы. В западной стороне храма, против раки с мощами святого Василия, был поставлен его образ, написанный послушником Тобольского митрополита Павла (1678-1692) иконописцем Лукой, спасенным святым Василием от потопления в 1679 году. Митрополит Филофей произвел освидетельствование мощей святого Василия и написал в похвалу ему канон. За годы правления митрополита Филофея было составлено несколько списков Жития святого Василия и три службы ему.

При следующем митрополите Сибирском и Тобольском Антонии (Стаховском) мощи святого Василия были сокрыты под спудом, в земле, в пределах монастырской ограды; над этим местом устроили часовню. В 1788 году гроб святого вновь показался из земли наружу. Игумен Троицкого монастыря Михаил перенес его во вновь построенный каменный храм в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и устроил особое надгробие. Все это время местное почитание святого Василия практически не прекращалось: верующие народ по-прежнему прибегал к его молитвенному предстательству и по вере своей получал облегчение в болезнях и исцеления. Почитание святого Василия Мангазейского немало способствовало обращению из язычества в Православие развличных местных народностей Севера: тунгусы, эвенки и юраки молились святому как покровителю охотников.

В конце 1802 года – начале 1803 года Туруханский край охватила эпидемия. Жители Туруханска усмотрели причину бедствия в том, что иконы святого Василия вынесены из Троицкого монастыря, мощи его находятся под спудом, и службы в его честь прекращены. Архиепископ Тобольский Амвросий (1806-1822) предписал игумену Туруханского Троицкого монастыря внести в соборный храм святого Василия и не чинить препятствий к его почитанию.

В 1907 году по благословению Святейшего Синода было отпечатано цветное литографическое изображение святого Василия Магазейского. На иконах святого Василия изображают «лицеем млада, мала возрастом, образа священнолепна, очи имуща светлы, взирающее прелюбезне, власы же главы его русы». Среди жителей Туруханска сохранилось предание, что несколько десятилетий назад святой Василий явился во сне одному благочестивому эвенку и повелел ему взять из монастырского храма святые мощи и сокрыть их в тайге, что и было исполнено.

Память святому Василию Мангазейскому совершалась первоначально 6 июля, в день явления из земных недр его мощей; 10 мая совершалось торжество перенесения мощей святого из Мангазеи в Туруханск. 22 (ныне - 23, по ст.ст.) марта является днем особого празднования памяти святого Василия Мангазейского, тезоименитно прославявшегося в этот день св.Василию Анкирскому (+4 в.) (По Минее, 22-й день марта)