Водные ресурсы представлены сетью крупных и мелких рек, озерами и минеральными источниками. В основном реки относятся к Амурскому бассейну, небольшая часть образует бессточную область. Крупный левый приток реки Онон - р. Ага.

Река Ага берет начало после слияния двух водотоков - Хойто-Аги и Урдо-Аги, протекая по Дульдургинскому, Агинскому, Могойтуйскому и Шилкинскому районам, общей длиной 167 км. Площадь бассейна 8000 кв. км. Бассейн реки относится к дальневосточному типу с резким преобладанием дождевого стока. Ширина реки 10-30 м, притоков 5-10 м.

Самой крупной рекой является Онон, по которой проходит южная граница района. В пределах района река Онон является типичной равнинной рекой. Питание в основном атмосферными осадками. Примерно половина годового стока реки приходится на июль и август. В этот период чаще всего отмечаются паводки. Большие наводнения были в 1988 и 1998 годах. Ширина русла 80 - 130 м, глубина 1,5-3,5 м, скорость течения 1-1,2 м/с.

В районе находится несколько крупных и мелких озер, среди них: Ножий, Улин, Кункур, Малый Цаган-Нор и др.

Минеральные источники местные жители используют давно. Эмчи-ламы еще с незапамятных времен давали рекомендации для лечения тех или иных заболеваний при помощи воды. Некоторые источники имеют народные названия, но чаще их именуют просто: сердечные, глазные, от язвы желудка и др.

Родники, источники Агинского района:
Будаланская родниковая воронка с. Будалан

Минеральные источники имеющие лечебные свойства:
1. Гашуун аршан с. Баян-Булак
2. Судунтуйский, аршан «Судунтуй» с. Судунтуй в 12 км З
3. Мухар-Булак 1 и 2 с. Судунтуй в 14 км Ю
4. Нарин эрьеын аршан с. Сахюрта
5. Шабартын аршан с. Южный-Аргалей в 16 км С
6. Челутайский аршан с. Челутай в 17 км СЗ
7. Улан-Булак с. Цокто-Хангил в 18 км СВ, в переводе с бурятского "красный родник" 50.969691, 114.704737
8. Кильгинда №1 (Аршан) п. Новоорловск (верхний) 51.062045, 114.735232
9. Кильгинда №2 (Хингильда-Аршан) п. Новоорловск (нижний)
10. Аршаантын аршаан и Нара эръеын аршаан два источника минеральных вод у с. Урда-Ага
11. Мухар булагай аршаан целебный источник близ с. Баян-Булак. О лечебной силе этого аршана, особенно от болезней ЖКТ, с давних пор ходит молва.

Источник Кильгинда на Орловском месторождении минеральных вод располагается в непосредственной близости от п. Новоорловск. Основным структурным элементом месторождения является мощная круто спадающая на восток зона тектонического нарушения, протягивающаяся вдоль пади Барун-Кильгинда. В геологическом строении месторождения принимают участие однообразные нерасчлененные палеозойские осадочно-метаморфические образования и четвертичные отложения.

Орловснике минеральные воды залегают под пресными на глубинах порядка 90-120 м и лишь на участках выхода источников «Нижний» и «Верхний» они вскрываются вблизи поверхности. Минеральные воды Орловского месторождения являются инфильтрационными водами выщелачивания, поступление минеральной и газовой составляющей происходит по зоне тектонического нарушения, область растека образуется в результате смешения составляющих с пресными водами верхней трещиноватой зоны. Балансовые эксплуатационные запасы углекислых минеральных вод месторождения утверждены на 01.07.82 г. протоколом ГКЗ 9051 от 28 августа 1982 г. в количестве 86 м3/сут.
Из скважины №15 для лечебно-питьевого и бальнео- использования (воды углекислые, слабоминерализованные с минерализацией 1,2-1,4 г/л. содержанием СО2 2,1-2,5 г/л, железа – 30-40 г/л) и 52 м3/сут.
Из скважины №22 для розлива в бутылки (углекислая холодная маломинерализованная гидрокарбонатная, кальциевая, железистая вода с минерализацией 2,6-2,7 г/л, содержанием СО2 2,8-3,5 г/л, железа – 50-60 г/л).
Источник окружен березовыми лесами. Согласно распоряжению руководителя администрации Агинского района № 33 от 06.03.01, на базе профилактория создан реабилитационный центр для детей и подростков с ограниченными возможностями «Родник».

Судунтуйский минеральный источник, аршан «Судунтуй» расположен по левому борту пади Барун-Судунтуй на Могойтуйском хребе, на высоте около 860–870 м над уровнем моря, в 10 км к западу от с. Судунтуй Агинского района и в 42 км к юго-западу от пгт Агинское. Минеральные воды источника традиционно использовались в лечебно-оздоровительных целях местным населением. На поверхность источник изливается в 3 местах.

Судунтуйское месторождение минеральных вод приурочено к толще песчаников, кремнистых сланцев триасового возраста, заполняющей артезианский бассейн и осложненной тектоническим нарушением. Месторождение вскрыто 5 скважинами на глубинах 60–100, 100–200 и 150–302 м. Общая минерализация вод составляет 1,3-2,0 г/л.

Эксплуатационные запасы в 1963 г. утверждены ГКЗ СССР по категории А — 197 м3/сут, категории В — 49 м3/сут, С — 109 м3/сут. Перспектива прироста запасов имеется за счет доразведки северного и южного флангов месторождения и перевода запасов категории С в более высокие.

Эксплуатационные запасы в 1991 г. утверждены по категории В в количестве 60 м3/сут.

По своему гидрохимическому составу воды близки к дарасунскому типу, углекислые малой минерализации, гидрокарбонатные магниево-кальциевые, слабокислые, железистые, кремнистые. Судунтуйские минеральные воды относятся к питьевым лечебно-столовым, могут использоваться и в бальнеологии.

Высокое содержание железа обусловливает наличие бурого налета на камнях и в ложе источников. Температура вод 3-7°С. Дебит 2,52 м3/ч. Полные и сокращенные химические анализы воды выполнены лабораториями Сибирской гидрогеологической партией Гидрогеологического управления «Геоминвод» и Московской партией геологического объединения «Лечминресурсы».

Показаниями к внутреннему применению являются болезни органов пищеварения, обмена веществ, крови, мочевыводящих путей, к наружному – заболевания системы кровообращения, нервной системы.

В характеристике Судунтуйского месторождения минеральных вод предложено следующее зонирование округа санитарной охраны. Первый – пояс строгого режима для скважины – устанавливается в радиусе 30 м. Второй – пояс ограничений – должен быть организован в пределах долины Барун-Судунтуй и ее левого борта и ограничивается с северо-востока и юго-запада линиями естественных водоразделов, с северо-запада и юго-востока – на расстояниях 1000 м. Третий – пояс наблюдений, устанавливается для всего месторождения в целом, охватывая область питания минеральных вод, то есть ближайшие водораздельные пространства Могойтуйского хр.

В 1990-х гг. ассоциацией крестьянско-фермерских хозяйств «Судунтуй» с целью защиты и рационального использования природных лечебных ресурсов от захламления и преждевременного истощения, а также более эффективного отдыха и лечения на источнике организован летний профилакторий, расположенный в березовом лесу вблизи заболоченной поймы р. Барун-Судунтуй. Профилакторий рассчитан на одновременный прием 25 человек. 50.761096, 114.317684

Озеро Горбунка название озера происходит от искаженного бурятского "гурбан нуур", что переводится как "третье озеро" или "три озера". Небольшое овальное соленое озеро Горбунка площадью около 2.5 кв. км. располагается в Агинском районе расположено в 11 км к северо-западу от села Кункур в пологой котловине на территории регионального заказника "Агинская степь". Котловина озера была сформирована осадками постплиоценового (позже 1,8 млн. лет) возраста.

Грязь озера используется при лечении опорно-двигательного аппарата (полиартрит), кожных заболеваний. Горбунка является единственным местом в Восточной Сибири и Забайкалье, где было отмечено редкое, занесенное в Красную книгу Читинской области и Агинского Бурятского автономного округа растение руппия спиральная.

Берег вокруг озера пологий, только с северо-западной стороны образует невысокую обрывистость и песчаный пляж. С южной стороны есть небольшая лагуна, глубиной 0,3 м, дно с вязким илом черного цвета, поверх которого образуется цианобактериальные маты. Вода в озере зеленовато-коричневая, солоноватая на вкус. В лагуне цвет воды грязно-коричневый с запахом сероводорода. Температура воды в летние месяцы поднимается до +28 С, в лагунах вода прогревается до +30 С и +31 С. Дно и берега озера покрыты толстым слоем грязи, используемой местным населением в лечебных целях. Основу сообщества водоёма составляют цианеи, высшая водная растительность, беспозвоночные (преимущественно личинки хирономид), водоплавающие и околоводные птицы. Из-за повышенной солёности рыбы в озере не обитают. 50.664444, 115.077500