По Тунгокоченскому району протекают реки Витим, Калар, Калакан, Каренга, Юмурчен, Нерча, Ульдурга, Нерчуган, Усугли (левый приток р. Ульдурга) и многочисленные притоки - малые реки и ручьи.
Родники Тунгокоченского района:Родники с. Верх-Усугли 52.698391, 115.186835 52.702537, 115.201601
Родник у с. Нижний Стан 52.270573, 115.629354