Поверхностные воды
Речная сеть на территории Кочубеевского района распределена неравномерно. Здесь протекают реки Кубань, Большой Зеленчук, а также Малая и Большан Козьма, река Невинка.

Кроме того, через район проходит Невинномысский канал и магистраль канала каскада Кубанских ГЭС с тремя искусственными водоемами емкостью свыше 20 миллионов кубометров воды.

Основным источником воды района являются реки Кубань, Большой Зеленчук, которые питают водой около 84,6% территории района.

Подземные, геотермальные, минеральные воды
По запасам подземных вод Кочубеевский район можно отнести к среднеобеспеченным. Прогнозные ресурсы подземных вод района составляют 211,1 тыс. м3 /сутки.

Термальные воды Воронежского, Казьминского и Беловского месторождений формируют крупнейшие запасы подземных вод.

Нижне-Зеленчукское месторождение теплоэнергетических вод
Нижне-Зеленчукское находится в 5-6 км к юго-западу от г. Невинномысск. Нижне-Зеленчукское месторождение теплоэнергетических вод эксплуатируется скважиной № 4-Т. Минерализация воды составляет 21-23 г/дм3, устьевое статическое давление 0,8-1,0 МПа, предварительно оцененные запасы - 560 м3/сут. По химическому составу вода хлоридно-натриевая, кремнистая, борная и по заключению Пятигорского НИИ курортологии и физиотерапии признаны минеральной лечебной и рекомендованы для наружного применения для лечения опорно-двигательного аппарата, центральной нервной системы, кожных заболеваний.

В районе села Воронежское имеются запасы йодо-бромистых вод, на которых расположена Воронежская водолечебница. Состав воды аналогичен источнику Долинск-1 курорта Нальчик. Воды используют при лечении сердечно-сосудистых, кожных, гинекологических, эндокринно-обменных заболевании и заболеваний опорно-двигательного аппарата, перифирической нервной системы.

Казьминское месторождение теплоэнергетических (термальных) вод
Казьминское месторождение расположено в Кочубеевском районе, в окрестностях с. Казьминское. Фонд скважин - 11 шт., в том числе 2 - эксплуатационные, 1 – наблюдательная, 8 - в консервации. Утвержденные запасы 2900 м3/сут, минерализация 1,4-2,4 г/дм3, устьевая температура – 100-128°С.

Скважиной № 2-Т и скважиной № 15-Т выведена кремнистая, термальная, малой минерализации гидрокарбанатно-сульфатнохлоридно-натриевого состава, среднещелочная вода. Температура воды 37-38°С. Химический состав воды содержит такие необходимые нашему организму вещества как кальций, калий, натрий, йод, цинк, бром и а также большое содержание кремниевой кислоты.

Минеральные воды оказывают благотворное воздействие при заболеваниях сердечно-сосудистой системы, опорно-двигательного аппарата, кожных, гинекологических и других заболеваниях.

В центре села Казьминское, при советской власти, построен лечебно-оздоровительный комплекс с одним большим бассейном, а в начале нашего века, на окраине села построен термальный комплекс с 10 бассейнами.

Геотермальная скважина находящаяся у южной окраины хутора Беловского, эксплуатируется термальным комплексом, с бассейнами наполняемыми горячей минеральной водой.

На территории Беломечетского и Стародворцовского сельсоветов имеются запасы минеральных вод.

На территории Стародворцовского сельсовета запущено производство столовой минеральной воды.

Родники, источники Кочубеевского района:
Во второй половине прошлого века, во время геологоразведки, было пробурено много скважин в районе хуторов Родниковский, Рощинский, станицы Георгиевская. Около десятка скважин до сих пор выводят на поверхность пресную воду.