По территории Косихинского района протекают носящие типично равнинный характер 13 рек: правый приток Оби – Лосиха (образован слиянием Большой Лосихи и Малой Лосихи), Афониха, Волчиха, Журавлиха, Чудотвориха, Чесноковка, Тараба, Бобровка, Жилиха и др., имеется 6 озёр (Огурцово, Красилово, Баюновское и др.). Днища долины и русла водотоков заполнены наносными песчаными и суглинистыми отложениями, значительно заилены.

Пойма реки Большая Лосиха в основном сложена песками, суглинками и на всем протяжении достаточно заилена. Ширина поймы достигает 2-3 км. Река образуется из двух сливающихся рек – Большой и Малой Лосихи. В питании реки принимают участие грунтовые, а также талые и дождевые воды. Этой реке свойственно весеннее половодье.

Озеро Красилово расположено близ села Озеро-Красилово. Относится к Бийско-Чумышской системе озер. Площадь озера – 1,9 кв. км. Средняя глубина – 4,3 м, максимальная – 12,5 м. На берегу озера расположена база отдыха Алтайского государственного университета.

Вода в Косихинском районе артезианская, поэтому в этом плане район выглядит благополучно по сравнению с городами края. Но, тем не менее, получаемая вода не в полной мере соответствует требованиям СанПина.

Родники Косихинского района:
Святой источник пророка Иоанна Предтечи у с. Косиха
Родник п. Лучевое 53.329562, 84.679014
Родник на реке Лосиха п. Лучевое 53.328997, 84.681946
Родник «Вознесенский» у с. Налобиха
Родник «Кандышный» с. Плотниково 53.424659, 84.751211