Пошехонский район богат водными ресурсами – реками и болотами, имеется множество естественных родников. Самыми крупными реками являются: Согожа, Сога, Ухтома, Ухра, Кештома, Репа, Сегжа, Конгора, Маткома, Шельша, Тулша, Пертомка и др. На западе территория района примыкает к Рыбинскому водохранилищу.
Реки:Барка (приток Маткомы)
Глухая Репа
Добринка (приток Соти)
Ега (впадает в Рыбинское водохранилище)
Ишмик
Керома
Кисома Глухая
Кода (приток Репы)
Лапка (приток Ухры)
Нотелга
Солмас
Соть (впадает в Никольское озеро)
Сохоть
Тесна
Ухра
Ухтома (приток Согожи)
Цыня
Всего на территории Пошехонского района находится 136 родниковых источников. Обустроено из них менее половины. В 15 родниках всех сельских поселений и самого Пошехонья качество воды регулярно проверяется.
Родники Пошехонского района:Святой источник преподобномученика Адриана Пошехонского у д. Заднего
Родник д. Мужиково, освятил епископ Рыбинский и Даниловский Вениамин 02.06.2018 г.
Святой источник великомученицы Параскевы Пятницы, родник на левом берегу реки Вожерка между д. Погост-Пятницкий и д. Ломок
Родник ул. Набережная реки Пертомки г. Пошехонье 58.504376, 39.114888
Родник д. Репино 58.778727, 39.128259