По территории Северского района протекают реки: Кубань, Убинка, Иль, Афипс, Шебш.

Река Афипс принимает в себя ряд небольших горных речек. Наиболее крупными ее притоками являются река Шебш длиной 100 км и Убин – длиной 63 км. Долина Афипса и этих его притоков имеет в верховьях вид узких ущелий. Вниз по течению они постепенно расширяются.

Афипс в своем верхнем и среднем течении очень мелководен, однако ниже впадения в него реки Шебш встречаются и глубокие места. Река довольно спокойно несет свои чистые воды по галечниковому руслу, но в период половодья становится бурной и многоводной. Недалеко от впадения ее в Кубань для целей зарегулирования последней и для орошения земель построено Шапсугское водохранилище.

Родники, источники Северского района:
Святой источник Архистратига Михаила («Солёный») Солёная балка у ст. Азовская 44.774954, 38.625596
«Дербентские» минеральные источники на реке Иль были открыты первыми поселенцами - казаками. Дербентские минеральные источники находятся в горной распадине между поселком Ильским и станицей Ильской. Источники в начале 20 века были широко популярны среди населения, люди приходили сюда лечиться: пили воду, купались в ней, устраивали грязевые ванны, лечились от ревматизма, кожных и других болезней. По одной из версий у горцев река Иль означала "благотворная от целебных источников".
2 октября 1903 года источники посетил генерал-майор Чистяков и старший врач Екатеринодарского отдела. Они взяли воду на анализ, который подтвердил её целебные свойства. Источники были широко популярны среди населения. Больные пили воду, купались в ней, в балке брали грязь и устраивали грязевые ванны, леча таким образом ревматизм, кожные и другие болезни. А греки приловчились сочетать приятное с полезным. Съезжаясь из окрестных районов, свои встречи здесь они превращали в своеобразную ярмарку невест.
В 1913 году два минеральных источника для изыскания и эксплуатации и два участка под строительство были сданы в аренду казаку предпринимателю из Ильской со сроком разведок на один год и эксплуатацией на девять лет бесплатно. Однако так случилось, что уже с 1914 года все минеральные источники бросили на произвол судьбы. Из всех родников вода стекала в один маленький бассейн, но даже и тогда ежедневно сюда съезжались десятки больных.
К началу Великой Отечественной войны райздравотдел восстановил Дербентские источники. Из трёх из них текла вода, разная по своим целебным свойствам. С южного - от глазных болезней, из среднего - от желудочных, с северного - от радикулита, паралича, ревматизма и других недугов. Сбегая вниз, источники впадали в реку Иль. Чтобы они не смешивались, их изолировали друг от друга цементными перемычками. На ровной площадке больные выдолбили неглубокие ямы - ванны.
Райздравотдел в свою бытность окультурил это место (отцементировал ванны и сделал кабины). С ранней весны и до поздней осени работал санаторий под открытым небом. Страждущие строили балаганы и курени, ставили палатки. За сезон здесь проходили лечение до трёхсот человек.
Но в настоящее время дербентские минеральные источники незаслуженно забыты и заброшены.
Родник на ул. Длинная п. Ильский
Родник «Макарова» п. Ильский 44.817112, 38.569884
Сероводородный источник у п. Ильский 44.798056, 38.537222
Родник в бывшем хуторе Макартет
Святой источник у п. Планческая Щель
Сероводородный солёный источник (скважина) у ст-цы Смоленская, труба торчит из земли примерно на 1 метр, из неё течёт неприятная на вкус, но полезная солёная вода, выделяется горючий газ 44.765734, 38.797327
Святой «Серебряный» источник между станицами Смоленская и Крепостная
«Запорожские» (Азовские, Убинские) минеральные источники у ст-цы Убинская
Минеральный источник у ст-цы Убинская 44.669281, 38.505252
Родники «Калина», «Римба» гора Собер-Баш у ст-цы Убинская, на обоих склонах горы Собер-Оашх (736 м) бьют родники, отчего гору долгое время считали священной
Родник в бывшем хуторе Шабаново