По границе между Кыринским и Красночикойским районами проходит мировой водораздел между бассейнами Северного Ледовитого и Тихого Океанов. Горный рельеф, значительные различия в соотношениях тепла и влаги, разнообразие мерзлотных условий определяют неоднородность формирования поверхностных вод. Характерная особенность рек района - неравномерное распределение стока по сезонам.

Водный режим, скорость и направление их течения зависит от количества и характера выпадения осадков и рельефа местности.

Направление течения рек совпадает с расположением хребтов и межгорных долин. Горный рельеф определяет высокую скорость течения в верховьях рек. Главным источником питания рек являются дождевые воды. Реки многоводны летом, особенно во второй половине. Зимой мелкие реки с небольшими площадями водосбора промерзают до дна.

В июле, августе много дождей. На эти месяцы приходится почти половина годового стока рек, наблюдаются паводки, причём вода очень быстро поднимается на 2-3 метра, затрудняет борьбу с паводками.

Второстепенную роль в питании рек играют подземные воды и промежуточную снеговые.

Зимой реки питаются подземными водами. Количество воды в них резко уменьшается, сток наименьший в году. Мелкие и средние реки промерзают до дна. При замерзании реки поперечное сечение русла уменьшается и, так как вода продолжает поступать, образуется большое давление. В результате вода прорывает лёд и изливается на дневную поверхность, образуя наледи. При соприкосновении прорвавшийся воды с холодным воздухом образуется туман. В этом случае говорят: «Наледь»

Ледостав на реках начинается во второй половине октября - начале ноября. Разрушение ледяного покрова происходит в конца апреля - начале мая. В отдельные годы при таянии, ломке ледяного покрова, из- за атмосферных осадков в виде мокрого снега, на некоторых реках могут образоваться заторы. Они умешают скорость течения реки, в результате чего увеличивается уровень воды.

Мощность льда достигает 1,5 метра. Этому способствует малый снеговой покров, низкие температуры продолжительной зимы и малое количество воды в реках. Продолжительность ледостава и мощность ледяного покрова рек создают благоприятные условия для использования их в качестве дорог на территории, недоступные в теплый период года. Однако наледи, пустолед, узость русла затрудняют их использование.

Мутность рек невелика и большей частью не превышает в среднем за год 50 г/м3. В период паводков она увеличивается по сравнению с зимней в несколько десятков и даже сотен раз. По химическому составу солей, воды рек относятся к кальцевой группе гидрокарбонатного класса. Степень минерализации незначительная и составляет не более мг/л.

Реки Кыринского района бурные, с холодной и чистой водой. Первая по величине река – Онон, затем Кыра, Былыра, Букукун, Ашинга, Агуца, Бальджа и другие.

Главной водной артерией района является река Онон, протекающая по крупному тектоническому понижению в зоне разлома. Онон берет начало в Монголии, на северо-восточных склонах хребта Хэнтей, и первые 300 километров протекает по территории, после чего входит в пределы России и 600 километров с лишком течёт по Забайкальскому краю, на северо-восток до встречи с Ингодой. Онон, как и большинство рек Забайкалья - извилистая, быстрая, местами порожистая река. В расширенных участках долины река дробится на рукава, встречаются мели и перекаты. По Онону в прошлые времена сплавляли лес, главным образом лиственницу и сосну. Основным источником питания Онона являются летние дожди, вызывающие значительный подъём уровня. Зима здесь обычно малоснежная, но холодная, и почти полгода (с ноября по апрель) воды Онона скованы льдом. Онон собирает воду с довольно значительной площади, превышающей 85 тысяч километров в квадрате. Долина Онона носит горностепной характер.

Притоки Онона: Ашинга с притоком Голубина, Агуца с притоком Алтан, Букукун, Бырца, Бальджа, Бытев, Енда, Куя, Кумыя, Киркун с притоком Немыра, Кыра с притоками Анацакан, Акуя, Былыра, Большой Улётуй, Марыкты, Курус, Король, Мангутка, Мокон, нижний Джермалтай, Тыринка.

Ивано-Арахлейские озера
Иван, Тасей, Арахлей, Большой Ундугун, Иргень и Шакшинское. Шесть озёр в 70 километрах от Читы можно без прикрас назвать излюбленным местом отдыха забайкальцев. В окрестностях озер обитают более ста видов птиц, среди которых черные аисты, серые журавли, беркуты, дрофы, филины, и порядка 40 видов млекопитающих.

Букукунское озеро по праву можно назвать жемчужиной края. Это глубокая чаша с прозрачной водой, обрамленная склонами гольца Сохондо. Отсюда берет начало река Букукун. Есть также радоновые и сероводородные источники.

В горных хребтах, сложенных гранитами и другими твердыми породами, подземные воды располагаются по трещинам и жилам не только в поверхностных слоях, но и на глубине нескольких сот метров. Между горными хребтами в осадочных породах располагаются артезианские воды.

Подземные воды используются для водоснабжения населённых пунктов.

Воды минеральных источников Кыринского района, расположенного на границе с Монголией, особенно в горных хребтах в верховьях реки Кыры, насыщены газами и солями. На этой земле можно найти источники с термальными азотными, радоновыми, холодными углекислыми и сероводородными водами. Наиболее популярны, с уникальными свойствами, Былыринский и Улурийский горячие источники, где активно оздоравливаются местные жители. По своим свойствам вода Былыринского источника подобна водам известного курорта Белокуриха.

Известные источники с кремнистыми, слаборадоновыми термальными сульфатно-гидрокарбонатно-натриевыми водами различной температуры (от холодной до очень теплой): на р. Талачи – с холодной радоновой водой, Двенадцать Ключей в верховьях р. Кыра – с теплой минеральной водой (30-32°С), Кыринский горячий зимний источник в устье безымянного ручья на р. Кыра, Былыринский источник, с температурой до 41,5 градусов по Цельсию, отмечен в долине ручья Аршантуй, левого притока р. Былыра, в 40 км севернее с. Былыра.

Холодные углекислые воды распространены от водораздела Ингоды и Онона до границы с Монголией. Для химического состава свойственны неравномерная степень минерализации, высокая насыщенность углекислым газом и низкие температуры от 0 до 4 градусов по Цельсию.

С углекислыми водами: Джильберийский и Мордойский источники. Слабосероводородные минеральные источники: Ендинский, Нижне-Салбартуйский и Талачинский. Субминеральный источник Шивычинские Талачи, который по имеющимся физико-химическим характеристикам к минеральным водам не относятся, но стихийно используются местным населением как лечебные.

Джильберийский углекислый источник находится в долине р. Букукун вблизи границы с Монголией, Мордойский в 2–3 км к северо-востоку от с. Мордой. По составу и свойствам источники относятся к дарасунскому бальнеологическому типу. По химическому составу вода их гидрокарбонатная щелочноземельная с преобладанием кальция в первом и примерно равным соотношением кальция и магния во втором источнике, с минерализацией соответственно 0,8 и 0,5 г/л и одинаковой температурой 2°C. В 2010-х годах углекислые источники не функционировали, что вызвано общим снижением уровня подземных вод в связи с засушливыми условиями последнего десятилетия.

На Мордойском источнике в свое время существовал пионерский лагерь. При каптировании скважиной за счет газлифта можно получить периодический самоизлив углекислой воды, как это происходит на Маккавеевском углекислом источнике (Карымский район).

Из слабосероводородных среди населения популярен Талачинский источник расположенный в 33 км к северо-западу от с. Кыра. Нижне-Салбартуйский источник на окраине пос. Надёжный. Ендинский (Киркунский) источник находится на территории Сохондинского заповедника на левом берегу р. Енда, левого притока р. Киркун, в 15 км от устья. Вода гидрокарбонатно-хлоридная с минерализацией 310 мг/л, температура 6,3°C, содержание (мг/л) кремнекислоты 96, сероводорода – 1,8, фтора – 7,2.

Все три сероводородных источника (по присутствию сероводорода, а не соответствию норме для отнесения к категории минеральных) по содержанию кремнекислоты (не менее 50 мг/л) соответствуют кремнистым минеральным водам. Кроме фтора в них установлены также высокие концентрации микроэлементов, характерных для азотных термальных вод. При этом в Нижне-Салбартуйском источнике содержание лития (1 мг/л) и вольфрама (0,655 мг/л) выше, чем в самих термальных источниках Кыринской группы и Байкальской рифтовой зоны. Все это, а также повышенная в сравнении с грунтовыми водами температура указывает на то, что рассмотренные сероводородные источники являются азотными термами, охлажденными из-за малых дебитов в приповерхностных условиях, а не их реликтами, как считают.

Дебиты Нижне-Салбартуйского и Талачинского источников соответственно менее 0,01 и 0,015 л/с. Наглядно влияние расходов на температуру воды в выходах прослеживается на Улурийском источнике. Температура воды в нижних малодебитных выходах не превышала 12,2°C и была минимум на 16°C ниже, чем в более водообильном выходе с максимальной температурой. Расчет по кремниевому геотермометру показал, что глубинная температура Талачинского источника соответствует глубинным температурам источников азотных терм района (120–140°C). При каптаже относительно неглубокой скважиной (100–150 м) вода на выходе (изливе) может иметь температуру, оптимальную для приема ванн (30–35°C).

По описанию А.И. Оргильянова с соавторами, особой популярностью среди местного населения пользуется источник Шивычинские Талачи, расположенный в 13 км к северо-западу от с. Кыра (49.668755, 111.841507). В летний период на нем в лечебных целях принимают водные процедуры десятки отдыхающих. Терапевтический эффект лечения не изучен, по имеющимся физико-химическим определениям нет и бальнеологических компонентов, которые позволили бы отнести этот источник к минеральным. Минерализация воды в источнике 130 мг/л, состав ее гидрокарбонатный кальциевый, обычный для маломинерализованных подземных вод. Данные по содержанию в воде радона, который может быть таким компонентом, отсутствуют. Источник относится, по-видимому, к многочисленным холодным пресным «аршанам», лечение на которых в традициях местного населения. Лечебно-оздоровительный эффект может оказывать низкая температура воды источника (2,0°С).

Родники, минеральные источники Кыринского района:
Термоминеральный источник (горячий) «Кыринский зимний горячий ключ» у с. Былыра
Родник у с. Верхний Ульхун 49.662730, 112.511021
Источник «Шивычинские Талачи» у с. Кыра
Мордойский источник «Кислый ключ» в пади Лагерная у с. Мордой
Былыринский термальный (горячий) источник у с. Надёжный
Минеральный источник «Нижне-Салбартуйский источник» у с. Надёжный
Минеральный источник «Талачи», «Холодный ключ»
Улурийский источник (горячий) «Двенадцать ключей»
Ендинский (Киркунский) источник
Джильберийский углекислый источник