Речная сеть в Андроповском районе развита слабо. Основные реки Андроповского района — Калаус, Суркуль, Большой Янкуль. Наиболее крупной из них является Калаус — четвёртая по протяжённости река в крае после Кубани, Терека и Кумы. Она начинается на Прикалаусских высотах, у южного склона горы Брык, и пересекает Ставропольскую возвышенность на север и северо-восток. Длина реки составляет 436 км, площадь бассейна — 9800 км². Прежде Калаус сливался с Восточным Манычем, теперь обводненный Калаус впадает в Чограйское водохранилище.
На территории района находятся Большой Ставропольский, Широкий и Барсучковый каналы, а также в окрестностях поселка Каскадного одно из крупнейших водохранилищ региона — «Красное».
Близ реки Калаус ответвляется Калаус-Кумский и Ставропольские каналы. В пределах района протяженность Большого Ставропольского канала 77,9 км. С запада на восток по району проходит ветка от Большого Ставропольского канала – канал Широкий.
Суркуль — река в России, протекает в Ставропольском крае по территории Андроповского и Минераловодского районов. Устье реки находится в 664 км по левому берегу реки Кума. Длина реки составляет 119 км, площадь водосборного бассейна 1440 км². В летнее время сильно мелеет и даже пересыхает, образуя заводи, небольшие озерца. Впадает в реку Куму около села Канглы. Недалеко от Воровсколесских высот находится ручей Дунька. Берет он начало в Дунькинском лесу с множества родников и является левым притоком реки Куршавка, которая в свою очередь впадает в реку Суркуль, а она в реку Куму и далее в Каспийское море. Раньше река играла большую роль в хозяйственной деятельности человека: ею поили скот, поливали огород, стирали белье, зимой заготавливали лед для ледников. Река была довольно широкая и глубокая, в ней водилось много рыбы. Позднее сельское хозяйство стало источником загрязнения реки. На ее берегу построили фермы. С полей, находящихся на склонах, вымывались удобрения, пестициды и попадали в реку. Сильно сократилось количество рыбы. Раньше в реке можно было купаться, теперь же река Суркуль завалена различным бытовым мусором.
Мокрый Карамык (река), левый приток Кумы, большую часть года не имеет стока и представляет естественные заводи, искусственные пруды. Длина его 142 километра. Вода горько-соленая.
В 2-х километрах северо-восточнее села Алексеевского находится
озеро Медяника, площадью 1,09 км2. Район озера богат солями: поваренной, глауберовой и магнезиальными. Годовые запасы солей составляют 412 тыс. тонн, с изменением водного режима озеро может использоваться для добычи солей.
На юге района, у села Куршава, расположен большой водоем - государственный зоологический заказник «Лиман», созданный в 1982 году для охраны черной ондатры и водоплавающей птицы.
На территории района построены многочисленные пруды, которые используются для водопоя скота, рыбного хозяйства, водообеспечения местного населения.
Подземные воды представлены не многочисленными родниками и месторождением минеральных вод «Нагутская-26» (Боржомского типа).
На территории Андроповского район находится часть известного Нагутского месторождения углекислых минеральных вод, расположенное близ села Солуно-Дмитриевское.
Нагутское месторождение углекислых минеральных вод представлено аналогами таких типов вод как «Ессентуки-17», «Ессентуки-4», «Боржоми», «Арзни», «Рычал-Су», «Дилижанский», «Лазаревский» и других. В настоящее время, воды этого месторождения, добываются из 6 скважин в основном на территории Минераловодского района, и разливаются под торговыми названиями «Нагутская-17», «Нагутская-4», «Нагутская-26», «Нагутская-56», ранее были известны также «Аш-Тау», «Мтаби» и др.. Минеральные воды Нагутского месторождения применяются как для внутреннего (питьевого) лечения заболеваний желудочно-кишечного тракта, печени, желчевыводящих путей, а также для наружного применения в лечебных целях при болезнях системы кровообращения.
Подземные источники минеральных вод обнаруженные в Андроповском районе, по предварительным оценкам, позволяют осуществлять промышленный розлив и даже на создание сети водолечебниц, но для этого требуются значительные вложения.
На востоке Андроповского района расположены Прикалаусские высоты, а на севере и в центре – Янкульская впадина. Южная точка Прикалаусских высот – гора Брык. Название горы связано с легендами. Одна из них гласит, что однажды молодая жена хана сбежала от него с простым джигитом. Хан погнался за ними, однако на крутом обрыве бричка с влюблёнными свалилась вниз. Хан, горюя о жене, превратился в камень, а слёзы его стали родником.
Есть в Андроповском районе ещё один уникальный памятник, который состоит из семи холмов – урочище Семистожки. Семистожки объявлены памятником природы в 1978 году. Памятник природы краевого значения "Урочище "Семистожки" - древнеоползневой массив, из семи собранных в компактную группу крутосклонных холмов, примыкающих к коренному склону Воровсколесских высот. Холмы сложены хаотической смесью суглинков, супеси и песков с щебнем и глыбами песчаников, образовавшихся в результате мощного оползневого процесса в одну из активных стадий четвертичного горообразования. В дальнейшем водная и ветровая эрозия придали оползневым отторженцам форму холмов, напоминающих стога сена, чем обусловлено название урочища.

На территории памятника сохраняется участок разнотравно-злаковой целинной степи с ковыльно-бородачевой ассоциацией. Из редких охраняемых растений произрастают: ковыль украинский, касатик низкий, пион узколистный, горицвет весенний, тюльпан Биберштейна и др. Много лекарственных растений: зверобой, тысячелистник, земляника, душица, подорожник, шалфей, вербена.
Наиболее удобный подъезд к Семистожкам от западной окраины ст. Воровсколесской, там, где заканчиваются улицы Центральная и Казачья. Грунтовый семикилометровый участок дороги до слияния ручьев Холодного и Невинки, легко проезжаемый даже в дождливую погоду. Проезд последнего километра дороги в распутицу весьма затруднителен.
Поблизости от геологического памятника бьёт много родников. Самые известные из них – Святой и Султановский. С Семистожками связана своя легенда. Жил когда-то здесь князь и было у него семь сыновей и дочь-красавица. Однажды выкрали её злодеи. Братья кинулись на выручку, но погибли в неравной битве. На месте гибели братьев выросли семь холмов, а слёзы князя, который горевал о своих детях, стали источниками.
Родники, источники Андроповского района:Источник в селе Казинка. Координаты: 44.464065, 42.297817
Родники в урочище Семистожки, самые известные из них — Святой и Султановский. Находится урочище в 6 км западнее станицы Воровсколесской, в километре южнее впадения реки Холодной в Невинку.
Геотермальный минеральный источник, скважина № 43, у с. Солуно-Дмитриевское (Нагутское месторождение минеральных вод), используется для производства бутилированной минеральной воды «Нагутская-26»