Территория области расположена в основном в нижнем течении реки Дон, северные и северо-восточные районы находятся в среднем течении Дона, юго-западные районы области располагаются в бассейне притоков Таганрогского залива.

К крупным рекам относится главный приток Дона - река Северский Донец, к средним - Сал, Западный Маныч, Калитва. На территории области выделен 21 бассейн, к которым относятся 165 малых и средних рек суммарной длиной 9565 км.

Малые и средние реки области являются типичными для степной зоны со снеговым питанием, которое по объему составляет - 70-75 % в год. Поверхностный сток зарегулирован многочисленными прудами, построенными, как правило, хозяйствами без проектов и водосбросных сооружений.

Начало интенсивному использованию, регулированию и перераспределению водных ресурсов бассейна реки Дон было положено в 1952 г. с вводом в эксплуатацию Волго-Донского комплекса гидросооружений, включая Цимлянский гидроузел и первую очередь оросительных систем Ростовской области.

На Нижнем Дону, включая Цимлянское водохранилище, размещены крупные водозаборы для водоснабжения городов: Волгодонска, Шахты, Новочеркасска, Ростова, Азова, Таганрога с развитой промышленностью и теплоэнергетикой. Крупнейшим водопользователем Ростовской области является Новочеркасская ГРЭС мощностью 2,4 млн. квт. забирающая воду на охлаждение агрегатов из реки Дон по протоку Аксай и подводящему каналу расходом 86 м3/с, летом и 46 км3/с в зимний период. Сброс отработанной воды производится по отводящему каналу в реку Дон и в проток Аксай. Значительные объемы воды забираются на орошение по Донскому магистральному каналу и непосредственно из реки Дон, Цимлянского, Веселовского, Миусского водохранилищ.

В бассейне Дона осуществляются крупные внутрибассейновые и межбассейновые переброски речного стока. Из реки Кубань по Невиномысскому каналу и реке Большой Егорлык ежегодно подается 600-700 млн. м3 воды, предназначенной в основном для рассоления Веселовского и западного отсека Пролетарского водохранилища. На эти же цели из Цимлянского водохранилища по Донскому магистральному каналу и его концевым сбросам в Манычские водохранилища подается 400-500 млн. м3 воды в год, осуществляется также подпитка реки Сал и отдельных ее притоков.

По химическому составу вода реки Дон относится к гидрокарбонатному (в верхнем течении к сульфатному или хлоридному) классу, группе кальция, ниже Цимлянского водохранилища - к гидрокарбонатному классу, группе натрия.

Озер мало, преимущественно пойменные и лиманные соленые, из последних крупнейшее Маныч-Гудило. Имеется более 2000 прудов и 3 крупных водохранилища (Цимлянское, Веселовское и Пролетарское).

Качество воды поверхностных и подземных водоисточников, используемых для питьевого водоснабжения, не соответствует зачастую нормативам стандарта на питьевую воду. В местах водозаборов региона обнаруживаются патогенные микроорганизмы. Вода Нижнего Дона и ряда притоков на большинстве контролируемых участков по ряду показателей качества не отвечает требованиям, предъявленным к водным объектам рыбохозяйственного значения.

Основной объем неочищенных и недостаточно очищенных сточных вод, содержащих значительные количества фенолов, нефтепродуктов, соединений тяжелых металлов, азота, пестицидов и др. загрязняющих веществ, сбрасывается в водные объекты в районе гг. Ростова-на-Дону, Каменска, Красного Сулина, Зверево, Сальска, Волгодонска, Шахт, Новошахтинска, Новочеркасска и др.

Анализируя качество воды в нижнем течении реки Дон (от нижнего бьефа Цимлянского гидроузла до устья) можно сделать вывод, что по большинству створов река классифицируется как водный объект 3 класса, умеренно-загрязненная. Качество воды не соответствует рыбохозяйственным требованиям по содержанию железа общего, нефтепродуктов, величине БПК 5. Наиболее загрязненными участками реки являются створы: ниже города Константиновска, выше впадения реки Северский Донец, водозабора города Семикаракорска, станицы Багаевской, ниже устья реки Темерник, где класс качества воды 4-загрязненная.

Напряженная экологическая обстановка в нижнем течении Дона и Азовском море является следствием критического уровня безвозвратного водопотребления и техногенного загрязнения поверхностных вод бассейна. По течению р. Дона в Ростовскую область поступают воды со средним уровнем загрязнения нефтепродуктами, соединениями меди, ЛОС, фенолами, нитритным азотом, медью. Негативное влияние на качество воды нижнего Дона оказывает р. Северский Донец. В районе населенного пункта Поповка, где находится пограничный створ с Украиной, часто регистрируются высокие уровни загрязнения воды минеральными солями, азот- и фенолсодержащими соединениями.

Загрязнение водных объектов происходит, в основном, за счет сбросов жилищно-коммунального хозяйства городов.

В бассейне р. Дона источниками загрязнения поверхностных вод являются крупные предприятия машиностроительной, пищевой, химической и др. отраслей промышленности, шахтные и хозбытовые сточные воды, животноводческие комплексы, водный транспорт.

В Цимлянском водохранилище - это преимущественно стоки с сельхозугодий и животноводческих ферм, рисовые совхозы ряда районов.

На восстановление и обустройство русел и прибрежных полос малых рек из всех источников финансирования было изыскано 1 млрд. руб. и расчищено около 27 км рек. В местах расчистки рек не только улучшаются условия проживания местных жителей и эстетически облагораживается ландшафт, но на этих участках прохождение весеннего паводка проходит, как правило, без аварийных ситуаций.

Складывающаяся реальная угроза деградации водных экосистем, напряженная водохозяйственная обстановка в бассейне Нижнего Дона свидетельствует о назреваемой необходимости принятия решения на межгосударственном и межреспубликанском уровнях о различных экологических проблемах по оздоровлению водных объектов, в том числе на приграничных территориях сопредельных областей России и Украины и осуществления комплекса водоохранных мер, поиска и разработки новых научно-обоснованных подходов к управлению водными ресурсами.

Подземные воды.

В централизованных системах водоснабжения, базирующихся на разведанных и утвержденных в установленном порядке эксплуатационных запасах, используются подземные воды с минерализацией до 1,5 г/дм3. Большое количество мелких водозаборов (из 3-4 скважин) используют неразведанные участки подземных вод для водоснабжения сельских населенных пунктов и отдельных предприятий. Потенциальные (прогнозные) ресурсы области составляют 2565,9 тыс. м3/сут. (с минерализацией до 1,5 г/л); эксплуатационные запасы - 858,2 тыс. м3/сут.

Очаги загрязнения подземных вод (всего 65 очагов), связанные с промышленным (районы городов Волгодонска, Каменска-Шахтинскийого) и сельскохозяйственным производством (Азовский район), стабилизировались по площади и интенсивности, что связано, по-видимому, с сокращением производства и объемов вносимых сельхозудобрений.