По территории Чукотского автономного округа проходит водораздел между Северным ледовитым и Тихим океанами, практически все водные объекты относятся к бассейнам Восточно-Сибирского, Чукотского и Берингова морей, к бассейну Охотского моря относится лишь небольшой отрезок реки Миритвеем в верхнем течении (левый приток р. Пенжины).

Речная сеть Чукотского автономного округа представлена 315 425 реками общей протяжённостью 734 788 км (густота речной сети 1,02 км/км2), большая часть которых относится к малым рекам и ручьям. Речная сеть распределена по территории автономного округа неравномерно, в горных районах она имеет наибольшую густоту, на низменностях речная сеть развита слабее. Большинство рек Чукотки протекают в горно-тундровой и горно-лесной зонах, по характеру течения относятся к горным. Реки тундровой зоны обладают, как правило, равнинным характером, имеют небольшие размеры, берут начало на невысоких и плоских водоразделах из озёр или болот, иногда представляя собой короткие протоки, соединяющие многочисленные озёра. Питание рек Чукотский смешанное с преобладанием снегового и дождевого. Для рек автономного округа характерно высокое весеннее половодье, летне-осенние паводки и продолжительная низкая зимняя межень. Замерзают реки в конце сентября – начале октября, вскрываются в мае – июне, зимой на многих реках образуются наледи, а малые реки промерзают до дна.

Крупнейшими реками Чукотского АО в бассейне Северного Ледовитого океана являются реки бассейна Колымы – Большой Анюй и Малый Анюй, Омолон с притоком Омолоем, Амгуэма, Чаун с притоком Паляваамом, Пегтымель и Раучуа; в бассейне Тихого океана – являются Анадырь с притоками Майн, Белая, Танюрер, Канчалан и Великая. Среди регионов федерального округа Чукотский АО занимает второе место по протяжённости речной сети после Якутии и по густоте речной сети после Сахалинской области, среди регионов России – второе место по протяжённости после Якутии и третье место по густоте речной сети после Псковской и Сахалинской областей.

Озёра Чукотского автономного округа распространены в основном на приморских равнинах, встречаются также в горах внутриматериковой части. По происхождению озера делятся на пойменные, термокарстовые, лагунные, ледниковые и кратерные. Большинство озёр Чукотки проточные. По данным Института озероведения Российской Академии Наук общая площадь водоёмов Чукотского автономного округа, включая искусственные, составляет около 13,5 тыс. км2 (озёрность 1,87%).

Крупнейшими озёрами Чукотки являются Красное и Пекульнейское озёра площадью 458 км2 и 435 км2 соответственно. Жемчужиной Чукотки называют уникальное озеро Эльгыгытгын, представляющее собой затопленный метеоритный кратер. Число искусственных водоёмов незначительно, крупнейшими из них являются Билибинское водохранилище на ручье Большой Поннеурген, Певекское на р. Певек и Казачинское водохранилище на р. Казачке. Среди регионов федерального округа Чукотский АО занимает второе место по площади озёр и искусственных водоёмов после Якутии.

Болота и заболоченные земли занимают 3,93% территории Чукотского автономного округа – 28 330 км2.

Площадь и число озёр и искусственных водоёмов, болот и заболоченных земель непостоянны, они зависят от природных (водный режим, климатические явления и др.) и, в меньшей степени, антропогенных факторов.

Подземные водные ресурсы
Прогнозные ресурсы подземных вод Чукотского автономного округа составляют 460 тыс. м3/сут (0,29% общего объёма прогнозных ресурсов подземных вод Дальневосточного федерального округа и 0,05% – России). Среди регионов федерального округа Чукотский автономный округ занимает последнее место по объёму прогнозных ресурсов подземных вод.

Запасы подземных вод региона на 1 января 2015 года составляют 123,6 тыс. м3/сут, что соответствует степени изученности 26,87% – максимальный показатель среди регионов федерального округа.

По данным на 1 января 2015 г. за год из подземных водных объектов Чукотского автономного округа добыто и извлечено 8,4 тыс. м3/сут, в том числе на месторождениях – 3,5 тыс. м3/сут. Степень освоения запасов подземных вод составляет 2,83% – минимальный показатель среди регионов федерального округа.



В юго-восточной части Чукотского полуострова известно более 10 групп термо и минеральных источников, в том числе и высокотемпературных – до 97°С: Мечигменские, Туманные, Лоринские (Кукуньские), Пыкелюнвээмские (Пыкеньвээмские), Ионийские, Бабушкины Очки (Безымянные), Чаплинские, Кивакские, Сенявинские, Аракамчеченские, Синевээмские (Синевеемские), Дежневские, Итыкивээмские, Нельпыгеньвээмские (Нэльпыгеньвээмские, Нгельвеемские), Оленьи (Ынпынэвеемские), Тенинские, Тэюкейские (Тагъеквеемские), Нешканские (Нэшканские), Кубинские (Куб, Право-Тынынваамские), Вытхытявеемские, Оранжевые (Кальхеурервеемские), Арэнышкынваамские, Верхне-Нунямовеемские, Гетлянгенские, Ступенчатые, Печингтанваамские.

В пределах Чукотского полуострова, известна серия выходов термальных источников на поле развития терригенного верхоянского комплекса. В 30 км северо-западнее Мечигменской губы, в бассейне р. Игельхвеем, находятся Гильмимлевеемские термоминеральные источники. Самым мощным из них является Мечигменский.

По величине минерализации гидротермы контрастно разделяются на две группы: высоко минерализованные – 18-20 г/л (Чаплинские и Дежневские) и мало минерализованные – 1.3-4.5 г/л (все остальные). Воды с высокой минерализацией разгружаются в устьевых частях речных долин, заполненных мощными рахлыми отложениями вблизи прибрежных лагун.

По меньшей мере пять групп гидротерм (Чаплинские, Сенявинские, Лоринские, Мечигменские и Дежневские) характеризуются высокими температурами и дебитами. Восходящие потоки гидротерм, помимо большой тепловой мощности, отличаются и концентрированностью очагов разгрузки: на их периферии практически отсутствуют зоны источников с низкими температурами. Величина естественной тепловой и водной разгрузки этих групп источников достаточна для создания на них одновременно лечебных и рекреационных учреждений, тепличных хозяйств или небольших (1-2 Мвт) ГеоЭС бинарного цикла.

Памятники природы:
Термальный (Мечигменские, «Туманные» термоминеральные источники)
Лоринские (Кукуньские горячие ключи)
Восточный (Уэленские горячие ключи)
Ключевой (Сенявинские термоминеральные источники)
Чаплинские минеральные источники